当社は、江戸時代の最も名高い遊女であった二代目高尾太夫をお祀りしています。

「太夫」は最高位の遊女に与えられる称号で、吉野太夫、夕霧太夫、高尾太夫が寛永三名妓と言われています。高尾太夫は花街吉原の三浦屋で受け継がれた名跡で、中でも二代目高尾太夫は最もよく知られ、歌舞伎や長唄の題材になるほど数々の逸話が残されています。

彼女は下野国の塩原塩釜村の百姓長介の娘で、名をあきといいました。吉原にある妓楼、三浦屋の主人四郎左衛門が塩原へ湯治に訪れた時にあきを大いに気に入り三浦屋へ引き取ったと言われています。二代目高尾太夫は容姿端麗、和歌俳諧に長じ、書は抜群、諸芸にも通じていたことから、名声は世に広まりました。「君は今　駒形あたり　ホトトギス」は高尾太夫が詠んだ句として有名です。

仙台藩主伊達綱宗候は殊の外二代目高尾太夫を寵愛し、衣装と装飾品を着用した彼女の体重と同じだけの重さに相当する大金三千両を積んで彼女を身請けしました。しかし、彼女には既に意中の人がおり、操を立てて綱宗候の意には従わなかったため、万治2年（西暦1659年）12月、綱宗候の怒りを買った二代目高尾太夫は大川（隅田川）の三又（現在の日本橋中洲付近）の船中にて吊るし切りにされ、川に捨てられた遺体が北新堀河岸（現在の豊海橋付近）に流れ着き、当地に庵を構えていた僧侶がその遺体を手厚く葬ったとも一説には伝わっています。

不幸な最期を遂げた二代目高尾太夫に人々の同情が集まり、当地に社を建て、彼女の神霊「高尾大明神」を祀り高尾稲荷社としたのが、当社のはじまりです。以降300年にわたり、当地の住民に守り継がれてきた当社は、全国でも珍しく実物の頭蓋骨をご神体として社に安置していることでも知られています。

当社の社は元来旧永代橋（現在の永代橋よりも100m程上流側）西詰の場所にありましたが、倉庫の建設により現在の場所に移されました。社殿は昭和20年3月の空襲で焼失しましたが、戦後に再建され、その後昭和51年、令和4年の二度にわたる建て直しを経て、現在に至ります。